股權轉讓的稅務處理應分別股權的購買方、股權的轉讓方、被轉讓股權的企業(目標企業)進行分析。

1、首先分析被轉讓股權的企業(目標企業)。股權轉讓中目標企業可以解散，也可以不解散。如果不解散，則無論股權是部分轉讓還是全部轉讓，目標企業作為法人的地位沒有改變，所有的納稅事項均由目標企業延續，股權轉讓交易不會使目標企業產生納稅事項。如果目標企業解散，其股權轉讓的交易實際上就是收購企業吸收合并目標企業，其稅收處理為：

(1)關于企業所得稅。根據財稅[2009]59號《關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》，如果收購企業購買的股權不低于被收購企業全部股權的75%，且收購企業在該股權收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，經稅務機關審核確認，為免稅合并;否則，為應稅合并。

(2)關于流轉稅。根據國稅函[2002]165號文《國家稅務總局關于轉讓企業產權不征收營業稅問題的批復》的規定，“轉讓企業產權是整體轉讓企業資產、債權、債務及勞動力的行為，其轉讓價格不僅僅是由資產價值決定的，與企業銷售不動產，轉讓無形資產的行為完全不同。因此，轉讓企業產權的行為不屬于營業稅征收范圍，不應征收營業稅?！眹惡痆2002]420號文《國家稅務總局關于轉讓企業全部產權不征收增值稅問題的批復》規定，“轉讓企業全部產權是整體轉讓企業資產、債權、債務及勞動力的行為，因此，轉讓企業全部產權涉及的應稅貨物的轉讓，不屬于增值稅的征稅范圍，不征收增值稅?！?/span>

(3)關于土地增值稅。根據財稅[1995]48號《關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》第三條，“在企業兼并中，對被兼并企業將房地產轉讓到兼并企業中的，暫免征收土地增值稅?！?/span>

2、再看收購企業。如果目標企業不解散，則無論收購企業是部分還是全部收購股權，收購企業不涉及任何納稅事項。如果目標企業解散，目標企業所有的資產負債都納入到收購企業的賬上。會計上按同一控制還是非同一控制將資產負債按賬面價值(同一控制)或評估價值(非同一控制)入賬，稅收上按免稅合并還是應稅合并將計稅基礎確定為原賬面價值(免稅合并)或評估價值(應稅合并)。此外，根據財稅[2008]175號文《關于企業改制重組若干契稅政策的通知》第三條的規定：“兩個或兩個以上的企業，依據法律規定、合同約定，合并改建為一個企業，且原投資主體存續的，對其合并后的企業承受原合并各方的土地、房屋權屬，免征契稅?！?/span>

3、最后分析轉讓方。股權轉讓方的稅務處理因轉讓方是法人還是自然人而有所不同。如果是法人，發生的股權轉讓所得應計入當期的應稅所得額;股權轉讓損失可以在稅前扣除，但每一納稅年度扣除的股權轉讓損失，不得超過當年實現的股權投資收益和投資轉讓所得，超過部分可無限期向以后納稅年度結轉扣除。如果是自然人，其股權的轉讓因目標企業是上市公司還是非上市公司而不同。如果是上市公司，則個人轉讓股票的所得暫免征個人所得稅;如果是非上市公司，則個人轉讓股權的所得比照“財產轉讓所得”由收購方代扣代繳個人所得稅。