一、在商標轉讓中，企業內部自身問題所造成的糾紛，屬于民事法律糾紛的范疇，一般情況下需要當事人通過司法訴訟程序來解決維護自己的權益。而作為行政主管部門的商標局，一般不會介入此類糾紛。但是，如果該商標的轉讓申請還是在商標局轉讓審查進程中的，方便當事人主張自己的權利，對于此類商標轉讓的糾紛問題，商標局通常會給于當事人一個合理的時限，當事人應該盡快通過司法訴訟來主張權利，超過該時限，商標局仍然會繼續進行相應的正常商標轉讓審查程序。一旦商標轉讓申請被商標局核準公告后，則該商標轉讓行為已經事實產生法律效力。涉及到法律權限問題，當事人只能通過法院的申請證據保全措施來暫時凍結該商標轉讓后的權利實施，并通過訴訟書程序來解決相關商標轉讓糾紛。

二、對于假冒、偽造的商標非法轉讓問題，則需要通過當地的公安部門以偽造印章、文書，非法侵占財產等進行刑事鑒定，然后通過司法程序解決。

三、對于商標局作出的“不予受理”、“不予核準”等等行政決定的行政糾紛，可以向國家工商總局進行反映或者行政復議，或者行政訴訟等途徑解決。

四、注冊商標的轉讓只有在核準公告之日起商標受讓人才擁有該被轉讓商標的全部法律權益，而在注冊商標轉讓核準公告之前，被轉讓商標的實際權益仍然屬于商標轉讓人。因此，關于商標在轉讓申請審查進行中的商標權益問題，只能通過商標轉讓雙方事先在商標轉讓合同中進行相應的權利約定。為了保護雙方利益，在商標申請前，轉讓人與受讓人最好能夠簽訂一份轉讓協議，協議中把上面列出的可能會涉及到的問題都一一做出說明，并到當地的公證處做出公證。